《全面战争：战锤3》中，有 至少24个种族派系。这些种族派系包括：
1. 野兽人
2. 绿皮
3. 鼠人
4. 震旦
5. 帝国
6. 高精灵
7. 木精灵
8. 矮人
9. 混沌兽化人
10. 混沌魔域生物
11. 斯卡文鼠人
12. 兽人部落
13. 人类国度（如巴托尼亚）
14. 精灵王国
15. 矮人帝国
16. 混沌势力
17. 黑暗精灵
18. 绿皮部落
19. 混沌信徒
20. 兽化人部落
21. 混沌领主
22. 混沌军队
23. 混沌之神
24. 混沌魔域
这些种族派系每个都有自己独立的成长系统与建筑风格，并且拥有少则一两个，多则八九个的派系势力。这些派系领主们在各自的剧情中拥有独门宝物、优势以及战役的胜利条件，这些因素能够让玩家的基本策略发生很大的改变。