方舟动画的剧情包括游戏的主线全六章，具体如下：
序章：黑暗时代·上
罗德岛为了唤醒博士，潜入了切尔诺伯格。在救到博士后的撤退途中，遭遇了整合运动的袭击。
0-1坍塌：博士醒来
博士在切尔诺伯格的一处设施内醒来，随后在阿米娅的自我介绍后再次陷入昏迷。整合运动首次出现，袭击了乌萨斯人。罗德岛众人出手进行了突袭，救下了平民。阿米娅宣布了罗德岛的信条。
0-1坍塌：罗德岛领袖阿米娅
杜宾帮助博士回忆起了部分身份，他是顶尖的矿石病研究学者，但丧失了记忆。整合运动的干部弑君者露面，开始追杀罗德岛。同时，切尔诺伯格即将迎来一场毁灭性的天灾。
0-2：守卫
切尔诺伯格陷入混乱，乌萨斯政府无力掌控局面。政府通过新闻系统传播虚假信息以缓解局势。罗德岛在混乱中继续行动，守卫了部分平民。
此外，方舟动画还可能包括一些支线章节或特殊活动，如“骑兵与猎人”、“海蓝之心”、“战地秘闻”、“喧闹法则”和“洪炉示岁”等。这些内容可能以动画的形式呈现，但并不一定包含在游戏的主线剧情中。
建议您查看游戏的官方剧情大纲或相关更新，以获取最准确的信息。