《火影忍者》系列游戏的主线剧情集数如下：
1. 第一部：1-25集；27-51集；53-58集；60-96集；98、100集；107-135集。
2. 第二部：221-276集；292-309集；333-363集；372-389集；392-395集；417-442集；463-476集；481-490集；492-498集；502-503集；516-522集；541-546集；548-566集；598-608集；611-613集；634-635集；637-641集；644-646集。
因此， 《火影忍者》系列游戏的主线剧情总共涵盖了720集。