甄嬛传手游的副本系统主要包括以下几种：
普通副本
主要产出装备制作卷轴和进阶材料。
每次消耗6点体力，战斗失败会消耗1点体力。
每一章节副本获得一定数量三星评级后会有额外宝箱奖励。
小主只有打通某章节的普通副本，才可开启该章节的精英副本进行挑战。
精英副本
主要产出各个卡牌的精魄。
主角等级达到20级后可以挑战精英副本。
小主每天可免费挑战精英副本3次。
精英副本每次消耗12点体力，战斗失败会消耗1点体力。
特殊副本
御膳房活动副本：以淳常在的视角，展现了一个吃货与美食间的故事，可以恢复体力并获得卡牌升级的必要道具经验书。
打金币、打材料、打经验书：这些特殊副本可以补充资源，但需要消耗较多体力。
探索玩法：根据事件提升角色好感度，并领取魂魄赏赐。
建议玩家前期尽可能多地挑战精英副本，因为精英副本必掉装备的进阶卷轴，而且不同的精英副本掉落不同部位的卷轴，这对提升角色战斗力非常有帮助。同时，也要注意合理规划体力，以便能够完成更多副本任务。