《尼尔：重生》手游的故事发生在一个被称为“槛”的世界，主角是一个失去了“声音”和其他不知名东西的小女孩，她和一个自称“妈妈”的生物一同探索这个世界，目的是改写受黑色魔素污染的故事，并夺回自己的自由。
在这个世界中，玩家会遇到各种黑色“卡卡西”（稻草人），这些角色代表不同的主线副本，通过战斗改写被黑色魔素污染的故事，逐渐揭开真相。游戏的主要玩法是回合制战斗，玩家需要与这些黑色怪物作战，胜利后可以洗白它们，并获得武器，这些武器与角色和故事紧密相连。
故事的发展围绕着小女孩和“妈妈”在“槛”内不停地净化黑色“卡卡西”，重复体验不同的故事（副本），逐渐接近真相。游戏的世界观与《尼尔：机械纪元》相似，具有多结局和真结局的设定。尽管目前手游只开放到主线的第四章，玩家尚未知晓整个故事的结局。
游戏的故事舞台是一个充满谜团的神秘场所，名为“牢笼”（Cage），这里充满了高大的建筑和大生物的栖息地，玩家需要在这个场所中寻找某个特定事物，同时被“妈妈”引导着前进。
总体来说，《尼尔：重生》手游讲述了一个充满神秘和冒险的故事，玩家需要通过战斗和探索来逐渐揭开“槛”世界的真相，并找回失去的记忆和自由。