《倩女幽魂》手游的故事背景设定在 明末清初，这个世界以玄幻为基调，融合了人魔之间的爱恨情仇和生死离别的动人情节。游戏的故事情节主要取材自中国古典文学中的传说和故事，尤其是《聊斋志异》中的《聂小倩》篇章。
在游戏中，玩家将扮演一个角色，与其他玩家共同经历一段段动人的爱情故事或冒险历程。故事的核心情节围绕聂小倩和宁采臣的爱情展开。聂小倩原是一缕亡魂，在兰若寺受制于姥姥的控制，直到宁采臣上京赶考，暂时在兰若寺寄宿，两人的命运因此交织在一起。他们的爱情经历了重重艰险和困难，但最终只有彼此的爱能拯救他们。
除了聂小倩和宁采臣的故事外，游戏中还有许多其他精彩的故事等待玩家去发现，例如黑风魔王的霸业、画皮鬼的痴情、恶妖伪装的道士、奈何桥上的孟婆等。这些故事不仅丰富了游戏的世界观，也为玩家提供了多样化的游戏体验。
游戏的世界观设定在盘古开天辟地后，清气上升成为天界，浊气下降成为阴间和地狱，中为人间，共称三界。盘古元神化为定海神针，沉睡于海底，后由孙悟空发现并炼化为神灯，镇于瑶池深处。然而，时日渐久，灯芯为神火灼烧，竟炼化出灵性修成人形，自称小倩。小倩与负责守护神灯的巨灵神之间发展出一段感情，但最终巨灵神被打下凡间，化为黑山老妖。神灯亦于争斗间失落，化为元神珠坠入人间，引发了一场三界之乱。
玩家在游戏中需要加入这场救世的英雄之旅，寻找并封印元神珠，以平息三界之乱，拯救苍生。
这些故事情节不仅展现了深厚的文化底蕴和丰富的情感经历，也让玩家在游戏中体验到浓厚的情感共鸣和惊险刺激的冒险。