摩尔庄园手游的剧情主要围绕主角作为一位年轻的农场主，继承父亲留下的摩尔庄园，并努力振兴庄园展开。玩家需要调动每个摩尔的潜力和默契，耕种土地、养殖动物、扩建农场，同时面对不断出现的突发事件和困难。在这个过程中，玩家需要与其他农场主合作，互相帮助，共同应对挑战。被善待的动物也会成为玩家的忠实伙伴，一起度过农场生活的每一天。
此外，游戏中还穿插了各种神秘事件和主线任务，例如寻找被神秘人操纵的布偶鸟，以及解开与庄园历史相关的谜团。这些剧情任务和神秘事件不仅丰富了游戏内容，也为玩家提供了更多探索庄园和了解摩尔世界观的途径。
整体而言，摩尔庄园手游的剧情设计旨在让玩家在模拟经营的同时，也能体验到紧张刺激的冒险和丰富的故事情节。