《尼尔：重生》手游的故事背景设定在一个被称为“槛”的世界，主角是一个失去“声音”和其他不知名东西的小女孩，她和一个自称“妈妈”的神秘生物一起，探索这个世界并改写被黑色魔素污染的故事，以夺回自己的自由。
游戏的故事舞台是一个充满谜团的神秘场所，称为“牢笼”（Cage），这个大型高塔式建筑中充满了偌大的建造物和巨大生物的栖息地，玩家需要在这个场所中踏上旅程，寻找某个特定事物，同时被“妈妈”引导着揭开“牢笼”的神秘面纱。
在游戏中，玩家将扮演这位神秘的小女孩，在“妈妈”的带领下，与各种黑色“卡卡西”（稻草人）进行战斗，通过战斗改写被黑色魔素污染的故事，逐渐了解真相。每个“稻草人”代表一个不同的故事线，玩家需要战胜它们以洗白“卡卡西”，并通过这些战斗逐渐接近真相。
游戏的世界观与《尼尔：机械纪元》等作品共享，但《尼尔：重生》是独立于这些作品的。游戏的主要卖点在于其剧情，包括主线剧情和武器故事，玩家可以通过战斗手动或自动操作来推进故事的发展。
总体来说，《尼尔：重生》手游讲述了一个在神秘“牢笼”中进行的探索与救赎的故事，主角在“妈妈”的引导下，与各种敌人战斗，逐步揭开真相并找回自己失去的东西。