截至2021年5月， 《凹凸世界》主线共有13章，具体包括：
1. 序章：黑色阴影
2. 第一章：秘密潜入
3. 第二章：嚎哭洞穴
4. 第三章：寒冰之下
5. 第四章：雷狮海盗团
6. 第五章：黑色徽章
7. 第六章：百死百生
8. 第七章：迷宫之星
9. 第八章：重要的回忆
10. 第九章：部件争夺战
11. 第十章：迷宫之主
12. 第十一章：黑暗世界
13. 第十二章：侵蚀
此外，还有镜像回忆、命运的厄流、沉默的王座、诅咒的骑士、赞德外传、雷霆外传、夏日嘉年华、夏令营、囚龙I、寻光之旅等篇章。