武藤游戏在《游戏王》系列中输过 五次。具体输给的对手和情况如下：
贝卡斯·J·克罗佛：
在决斗王国大赛中，武藤游戏因为比赛时间的结束而落败，贝卡斯用千年眼封印了游戏爷爷的灵魂威胁他参加比赛。
海马赖人：
为了拯救被贝卡斯囚禁的弟弟桂平，海马向武藤游戏发起挑战，最终武藤游戏在压力和善良之间选择了后者，输掉了比赛。
蕾贝卡·霍普金斯：
蕾贝卡为了要回青眼白龙卡片，与武藤游戏展开决斗，武藤游戏故意认输。
拉菲鲁：
在动漫原创剧情中，武藤游戏输给了拉菲鲁，并且表游戏被封印。
暗痣人：
在正规决斗中，武藤游戏输给了暗痣人。
这些输掉的比赛不仅展现了武藤游戏的成长和经历，也为剧情增添了紧张和戏剧性。