阴阳师手游的主线剧情一共分为 六个大章节，每个大章节包括数十个小章节，据目前版本显示，阴阳师手游主线剧情共有 29章。每个章节都包含着细致入微的故事情节和丰富多样的挑战。玩家需要完成前一章的任务和解锁条件，才能进入下一章的内容。探索副本的前18章还有特定的妖怪可以发现，并完成相关成就任务来获取奖励。阴阳师手游的剧情按年度篇章进行划分，2016年至2019年3月为主线剧情，部分角色没有伴生剧情，只有传记剧情。
此外，阴阳师手游剧情副本目前一共是十八章，官方将于1月13日正式推出全新的番外剧情：见习鬼使。这个应该是属于番外篇，当然大家也可以当做第十九章来看。前面十八章的剧情分别是：
1. 第一章：雀食奇谈
2. 第二章：座敷童子
3. 第三章：凤凰林的占卜师
4. 第四章：桥上的雨女
5. 第五章：黑夜山的食发鬼
6. 第六章：似梦非梦
7. 第七章：爱上鲤的美
8. 第八章：樱与桃
9. 第九章：兔、蛙和锅
建议关注阴阳师手游的官方公告和更新，以获取最新的剧情更新信息。