《尼尔：重生》手游的故事背景设定在一个被称为“槛”的世界，主要讲述了一个失去“声音”和其他不知名东西的小女孩，与一个自称“妈妈”的生物一同探索这个世界，改写受黑色魔素污染的故事，从而夺回自己以及自由。
游戏的故事舞台是一个充满谜团的神秘场所，名为“牢笼”（Cage），这个场所由高耸的建造物和巨大生物的栖息地组成，其全貌并不为人所知。在这个牢笼中，玩家将扮演一位神秘的小女孩，她在名为“妈妈”的白色幽灵的带领下，开始了一段寻找特定事物并净化被黑色魔素污染的故事。
在游戏中，玩家会遇到各种被称为“黑色卡卡西”的怪物，这些怪物实际上是受到黑色魔素影响的故事主角。通过战斗，玩家可以改写这些被污染的故事，驱逐黑色魔素，并逐渐了解真相。游戏采用回合制战斗系统，胜利后将获得武器，而这些武器与角色和故事紧密相连。
整体而言，《尼尔：重生》手游的故事充满了凄美和黑暗元素，玩家将在探索“槛”的过程中，体验到一个充满谜团和转折的叙事。游戏的世界观与《尼尔：机械纪元》等作品共享，但《尼尔：重生》作为一个独立作品，拥有自己独特的故事线和角色设定。